Trong định hướng phát triển giai đoạn từ 2000 tới 2010, thực hiện chủ trương đường lối của Đảng và Nhà nước về mục tiêu và nhiệm vụ chăm lo và bảo vệ sức khỏe cộng đồng. Công ty Vắcxin và Sinh phẩm số 1 đặt ra một số mục tiêu và chính sách sau:

 1.Nghiên cứu và sản xuất :

-  Tự túc toàn bộ vắcxin thiết yếu trong chương trình TCMR bảo đảm về số lượng và chất lượng, bao gồm các loại vắcxin viêm gan B, viêm gan A, viêm não Nhật Bản, Tả uống

-  Nghiên cứu thử nghiệm sản xuất một số vắcxin khác chưa được sản xuất ở Việt Nam

-  Sản xuất cung ứng đủ các chế phẩm sinh học thiết yếu dùng trong chuẩn đoán, điều trị, phòng bệnh

 2.Đầu tư cơ sơ vật chất trang thiết bị kỹ thuật :

-  Chú trọng áp dụng công nghệ gen trong chuẩn đoán căn nguyên bệnh, sản xuất vắcxin và các sinh phẩm sinh học khác, ??công nghệ trong kiểm tra chất lượng sản phẩm.

-   Đưa công nghệ tin học vào quản lý giám sát.

 3.Phát triển nguồn nhân lực :

-  Tăng cường đào tạo,đào tạo lại trong nước và quốc tế, chú trọng đào tạo sử dụng nguồn tài năng trẻ để ứng dụng, sản xuất, tiếp nhận các công nghệ cao trong sản xuất Vắcxin và Sinh phẩm.

 4.Phát triển nghiên cứu khoa học :

 -  Chú trọng thực hiện các nghiên cứu thực hiện, các nghiên cứu ứng dụng khoa học công nghệ mới.

-  Nghiên cứu phát triển công nghệ nuôi cấy tế bào, miễn dịch, gen để sản xuất vắcxin, các chế phẩm sinh học và để chuẩn đoán sớm chính xác, đặc hiệu.

 5.Hợp tác quốc tế :

-  Tăng cường hợp tác quốc tế trên mọi lĩnh vực: đào tạo, nghiên cứu khoa học, đầu tư, liên doanh liên kết, tư vấn, huy động vốn.

 6.Tuyên truyền giáo dục sức khỏe:

-  Áp dụng mọi hình thức, mọi phương tiện, mọi lúc, mọi nơi nếu có thể để tuyên truyền giáo dục sức khỏe, vệ sinh phòng bệnh, nhằm nâng cao nhận thức, thay đổi hành vi trong cách sống, làm việc, sinh hoạt, giải trí nhằm nâng cao sức khỏe, hạn chế các yếu tố ảnh hưởng tới bệnh tật.